Nachwuchsgruppe RNA-Biologie der Bakterien

Auf post-transkriptioneller Ebene sind kleine regulatorische RNAs (sRNAs) entscheidende Elemente der Genexpressionskontrolle in Bakterien. Die Mehrzahl der sRNAs kontrolliert Zieltranskripte über die Ausbildung direkter Basenpaarungen, welche zu Veränderung der Stabilität, der Prozessierung und der Translation der gebundenen mRNAs führen. Bakterielle sRNAs erlauben der Zelle, sich schnell an geänderte Umweltbedingungen anzupassen. Dabei sind sie besonders vielseitige Regulatoren, da sie die Genexpression sowohl aktivieren aber auch reprimieren können. Durch bioinformatische und experimentelle Studien wurden hunderte potenzieller sRNAs in den Genomen verschiedener bakterieller Spezies beschrieben, über deren Funktion und Mechanismen aber nur wenig bekannt ist. In unserer Arbeitsgruppe nutzen wir Caulobacter crescentus als Modelorganismus um die Prinzipien der durch RNA regulierten Prozesse in alpha-Proteobakterien zu untersuchen, und neue Mechanismen der bakteriellen Genexpressionskontrolle zu identifizieren.

• Bianco CM, Fröhlich KS, Vanderpool CK (2019) Bacterial Cyclopropane Fatty Acid Synthase mRNA is targeted by activating and repressing small RNAs. J Bacteriol 201(19)
• Santiago-Frangos A*, Fröhlich KS*, Jeliazkov JR, Małecka-Grajek EM, Marino G, Gray JJ, Luisi BF, Woodson SA, Hardwick SW (2019) Caulobacter crescentus Hfq structure reveals a conserved mechanism of RNA annealing regulation. Proc Nat Acad Sci 116(22):10978-10987
  *equally contributing authors
• Herzog R, Peschek N, Fröhlich KS, Schumacher K, Papenfort K (2019) Three autoinducer molecules act in concert to control virulence gene expression in Vibrio cholerae. Nucleic Acids Res 47(6):3171-3183 
• Fröhlich KS*, Förstner KU, Gitai Z* (2018) Post-transcriptional gene regulation by an Hfq-independent small RNA in Caulobacter crescentus. Nucleic Acids Res 46(20):10969-10982
  *co-corresponding authors 
• Fröhlich KS, Haneke K, Papenfort K, Vogel J (2016) The target spectrum of SdsR small RNA in Salmonella. Nucleic Acids Res 44(21): 10406-10422 
• Dimastrogiovanni D, Fröhlich KS, Bandyra KJ, Bruce HA, Hohensee S, Vogel J, Luisi BF (2014) Recognition of the small regulatory RNA RydC by the bacterial Hfq protein. Elife 2014 Dec 31;3
• Fröhlich KS, Papenfort K, Fekete A, Vogel J (2013) A small RNA activates CFA synthase by isoform-specific mRNA stabilization. Embo J 32(22):2963-79
• Fröhlich KS, Papenfort K, Berger AA, Vogel J (2012) A conserved RpoS-dependent small RNA controls the synthesis of major porin OmpD. Nucleic Acids Res 40(8): 3623-3640

• Fröhlich KS*, Gottesman S* (2018) Small Regulatory RNAs in the Enterobacterial Response to Envelope Damage and Oxidative Stress. Microbiol Spectr 2018 Jul;6(4)
  *co-corresponding authors
• Fröhlich KS, Papenfort K (2016) Interplay of regulatory RNAs and mobile genetic elements in enteric pathogens. Mol Microbiol 101(5):701-13
• Fröhlich KS, Vogel J (2009) Activation of gene expression by small RNA. Curr Opin Microbiol 12(6): 674-682